Como bien decia mi profesor de Electrotecnia... Nada es mejor que nada, ni nada sirve para nada, cada cosa tiene su utilidad. Con esto quiero decirte que no se puede hablar de que es mejor o que es peor, ya que cada Custom Firmware es diferente.

Entre las diferencias más destacadas entre estos dos Custom Firmwares esta la de personalización del XMB de la PSP (el menú). De momento (y parece que va a ser así para siempre), la 3.03 OE-C admite cualquier tipo de modificación del XMB mientras que la 3.10 OE-A tiene algunas restricciones. Pasate por Aquí para saber más.

Por otro lado te diré que la 3.10 OE-A (o la 3.10 OE-A') tiene bastante más mejorado la jugabilidad a juegos de PSX con el emulador que ya viene integrado, mostrando así una mejor calidad en las texturas gráficas, encuadre practicamente perfecto de la pantaya, etc...

Hay alguna perqueña diferencia más, pero estas dos serian las más importantes. Pásate por la noticia de los Custom Firmwares para leer que mejoras incorpora además de estas. 

Saludos.