Como siempre, se podría implementar una solución temporal (manual, por supuesto xD):

• Meter todos los archivos sueltos en el zip. Incluir un archivo locations.txt con la lista de archivos y sus respectivas rutas, digamos así:
  core.lua@ms0:/PSP/GAME/loquesea/core.lua
  splash.png@ms0:/PSP/GAME/loquesea/splash.png
• Ahora, descomprimimos el zip en una carpeta temporal. zip.extract("tu archivo.zip","temp") o no?
• Vacío la lista de archivos a una tabla:
  

  rutas = {}
     for line in io.lines("temp/locations.txt") do 
        table.insert(rutas,line)
     end

• Venga va, ahora viene la parte más divertida y mágica, copiar todo donde toca:
  

  for i=1,#rutas do
    file, destino = rutas[i]:match("(.+)@(.+)")  --Esto me va devolver lo que está antes y después del "@" en variables separadas 
      files.copy("temp/"..file,destino)  --Copio el archivo (tengo entendido que si no existe la ruta la creará)
  end
  --Si no furulara, usar la ruta completa de temp en el files.copy

• Y para terminar, elimino la carpeta temporal con un files.remove en modo recursivo.

Fácil, no creen? Y sin recurrir a HM ^^

Es uno de los problemas que me dió LuaDEV al crear el instalador de NekeOS. LuaDEV no llega a extraer las subcarpetas, por eso muchos han recurrido a HM...