El problema era, creo, que no le da tiempo a borrar las fisicas en un solo frame, y al empezar de nuevo el while, intentaba utilizarlas o utilizar alguna cosa que ya estaba borrada, y claro, se congela.

Así lo puse en el spaceball y creo que con esto ya nunca se congelará, al menos por culpa de las fisicas o los objetos.

function Salir_del_nivel()
	 model3d.deletephysics(Model,1)
         model3d.deletephysics(Model1,1)
         --etc etc
         Model, Model1,sound = nil,nil,nil
         --etc etc
         model3d.finishphysics()
         os.delay(100) --importante, así le da tiempo a borrar todo!		 
	 collectgarbage()
         os.delay(100) --por si acaso otro retraso
end

De todas formas, es mejor hacer solamente un model3d.initphysics() con el numero maximo de objetos físicos y el tamaño del mundo ya definidos al iniciar el juego, y luego ya nunca usar el model3d.finishphysics().

Las físicas ocupan unos 5 megas en RAM, pero si lo quitas y pones muchas veces, termina comiendose mas RAM de la cuenta, asi que es mejor dejarlas ahí.

Pero siempre ponle el delay antes del collectgarbaje aunque solo borres las fisicas de los objetos.

Podrías enviarme un ejemplo de lo que quieres hacer con las puertas, que no te funcione?