Al final conseguir hacerlo con el timer.

Asi me quedo:

tiempo = nil
cont = 0
function unJ()
		if cont == 0 then
			screen.print(100,100,"Tiempo = 0 segundos")
		end
		screen.print(10,10,"cont = "..cont)
		if controls.press("cross") then
			tiempo = timer.new()
			tiempo:start()
			cont = 1
		end
 
		if cont == 1 then
		segundos = tiempo:time()/1000
			screen.print(100,100,"Tiempo = "..segundos.." segundos")
		end
			if cont == 1 and segundos >= 10 then
				tiempo:stop()
			end
 
		if controls.select() then
			ERROR()
		end
end
 
 
while true do
	controls.read()
	unJ()
	screen.flip()
end

Muchas gracias a todos por vuestra ayuda.

PD: Edito y pongo solucionado o lo hacen los moderadores??

el modulo timer es aún algo que puede sufrir, y sufrirá, modificaciones. ( :P )
Es un módulo bastante... inútil, la verdad, puesto que hace automático algo que se puede hacer en dos lineas de código, amos, que si un luaplayer no lo tuviera sería tan fácil implementarlo como...

timer = {
  running = false,
  offset = 0,
  time = function(self) return os.clock() - self.offset; end,
  start = function(self) if not self.running then self.running = true; self.offset = os.clock(); end end,
  stop = function(self) self.running = false; end,
  new = function(self,o) o = o or { }; setmetatable(o,self); self.__index = self; return o; end,
}

Hale, ya teneis módulo timer para todos, y este seguro no falla xD.

Igualmente con un tiempoinicial = os.clock(); y tiempo = os.clock() - tiempoinicial; nos devolvería el tiempo transcurrido, así que, no sé, si os dan problemas los timers, probar os.clock().

P.D: Este módulo casero timer, devuelve el resultado en segundos directamente. Para esperar medio segundo seria:

abc = timer:new();
abc:start();
while abc:time() < 0.5 do screen.waitvblankstart(); end
abc:stop();
abc = nil; 

Algo más limpio:

tiempo=timer.new()
tiempo:start() -- Iniciamos el tiempo, por eso se queda en 0 we.
 
while true do controls.read()
if controls.press("circle") then tiempo:stop() end
screen.print(100,100,"Tiempo= "..math.floor(tiempo:time()/1000).."  segundos")
screen.flip()
end

math.floor, redondea hacia abajo, eso te dara el tiempo en SEGUNDOS  y no MILISEGUNDOS.

pues nada, sigue igual, me sale el 0 quieto y parpadeando .001 lo he probado de las dos formas que me habeis puesto y no me sale.Ademas doy a circulo y sigue pasando lo mismo, sigue parpadeando, pero no cambia de ese numero nunca. Gracias de todas formas. Si alguien sabe que puedo hacer que lo diga porfa jeje