En el emulador hay dos formas de guardar tu partida...

La primera es la que te ofrece el juego por sí mismo, esto es: cuando estás jugando algún juego, creo que en el pokemon te debes acercar a una computadora y te ofrece el menú de salvar partida, etc. (de esta forma no se puede guardar en cualquier momento, sólo donde encuentres esos "puntos de guardado")

Y la segunda manera de guardar un juego, es desde el emulador mismo (aqui puedes salvar en cualquier momento). En el Unofficial GPSP Kai, cuando presionas HOME, te aparece el menú del emulador, y ahi viene la opción de SAVE STATE y LOAD STATE. (vienen 10 Slots para guardar tu juego, esto es conveniente cuando quieres guardar en puntos que te agraden del juego y no sólo en la última parte que vas, basta con que selecciones el que quieres usar para guardar o cargar el juego).

 Me imagino que la forma en la que tienes error en el guardado de juego es en el primer modo de guarda tu partida, así que, porqué no intentas de esta segunda forma y ojalá que no tengas ninguna otra complicación.

Suerte, y en caso de que no sirva, pones más información de qué sucedió. Suerte.